土地使用权是以国家土地管理机关批准享有的在一定期间内对国有土地开发、利用和经营的权利。在我国土地所有权属于国家，单位或个人只能享有土地使用权。事业单位拥有的土地使用权首先应满足自身开展业务活动的需要，其次也可将闲置的或经营用地对外转让或投资，但必须办理相应的报批手续。实践中，土地使用权分为有形的和无形的两种。有形的往往与地上附着物密不可分，无形的即单纯的土地使用权。正因为土地使用权如此特殊，所以事业单位必须加强对土地使用权的控制与核算。
取得土地使用权
事业单位土地使用权的取得不外乎两个途径：一是通过行政无偿划拨取得。该方式下无需支付土地出让金，但在接收过程中发生的相关费用可直接计入“事业支出”账户，同时登记“无形资产”和“非流动资产基金—— —无形资产”。
二是通过有偿转让方式取得。
有偿取得的土地使用权应区分两种情况：如果是单纯的土地使用权，则直接计入“无形资产”账户;如果是有形的“地皮”，土地使用权连同地上建筑物一并计入 “固定资产”账户。其中如果土地使用权能够单独计价，单独计价部分则应计入“无形资产”账户，其差额计入“固定资产”账户。同时，要登记“非流动资产基金—— —固定资产(或无形资产)”账户。另外，在取得土地使用权过程中应缴纳的相关税费计入“其他支出”账户。但在入账之前必须取得县级以上土地管理部门核发的国有土地使用权证书。
使用土地使用权
为了正确反映事业单位预算执行情况以及财务状况，事业单位应对所拥有的土地使用权等无形资产进行摊销。其控制要点有两个方面：一是各单位应采取直线法对无形资产的摊销。其摊销年限根据《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》规定最高年限为50年。《事业单位会计制度》规定:“事业单位应当按照如 下原则确定无形资产的摊销年限：法律规定了有效年限的，按照法律规定的有效年限作为摊销年限;法律没有规定有效年限的，按照相关合同或单位申请书中的受益年限作为摊销年限;法律没有规定有效年限、相关合同或单位申请书也没有规定受益年限的，按照不少于10年的期限摊销”。二是进行账务处理。根据每期计算的摊销额，借记“非流动资产基金—— —无形资产”科目，贷记“累计摊销”科目;如果是经营活动用地则直接借记“经营支出”科目或“生产成本”科目，贷记“累计摊销”科目。
转让土地使用权
事业单位土地使用权的转让一般有两种情况：一是政府无偿划拨，各单位在注销“无形资产——土地使用权”账面余额的同时，再把划拨过程中所发生的相关费用，直接计入“其他支出” 账户。二是有偿转让。第一应向主管部门、财政部门办理审批手续并列入年度预算。第二应向县级以上土地管理部门办理报批，并与受让方签订《国有土地使用权转让合同》。第三计算因转让土地使用权而应缴纳缴纳土地增值税、契税、营业税等有关税费。第四进行账务处理。
如果事业单位转让经营活动用地，其转让收入以及转让过程中发生的费用，则应通过“经营收入”“经营支出”等科目核算;因转让土地使用权而应缴纳的各种税费一般通过“应缴税费”科目核算。
以土地使用权对外投资
实践中事业单位可以闲置的或经营用地对外投资，按照《预算法》《事业单位财务规则》和《行政事业单位内部控制规范》的相关规定，事业单位应严格控制对外 投资。在投资之前，首先要合理设置投资业务的相关岗位，确保对外投资的可行性研究与评估、决策与执行等不相容岗位相互分离;其次在可行性研究的基础上提出投资方案，由单位领导班子集体研究决策，并对其决策实行责任追究;最后对投资的土地使用权按照国家有关规定进行评估，合理确定其价值，在报经主管部门和财政部门审批后，列入年度预算。
事业单位用土地使用权对外投资时，应按照评估价值加上相关税费作为投资成本，借记“长期投资”科目，贷记“非流动资产基金—— —长期投资”科目;按照实际发生的相关税费，借记“其他支出”科目，贷记“银行存款”“应缴税费”等科目。同时，按照投出的土地使用权所对应的非流动资产基金，借记“非流动资产基金—— —无形资产”科目，并按照其已计提的摊销额，借记“累计摊销”科目，按照其账面余额，贷记“无形资产”科目。
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